Bien que nous assistons à une réelle recrudescence de ce phénomène, il serait inexacte de penser que la ciguatéra ait une origine récente. En effet, il semblerait que le premier cas d’intoxication de type ciguatéra jamais décrit remonte à l’an 650, d’après les observations d’un médecin et philosophe chinois, CHAN TSANG CHI, à qui l’on doit le premier rapport de syndrome clinique mortel associé à la consommation d’une carangue à queue jaune.

Il faudra attendre le 16ème siècle et les premières grandes navigations pour que Pietro Martire d’Anghiera, alors chroniqueur à la cour d’Espagne, rapporte les témoignages de 

Christophe Colomb, Vasco de Gama, Cortez et Magellan, dans lesquels sont relatées nombreuses mésaventures associées à la consommation de poissons toxiques.

John Locke, médecin philosophe anglais, observa en 1675, lors d’un séjour dans l’archipel des Bahamas, qu’il pouvait coexister au sein d’un ensemble de poissons de même espèce, des individus toxiques, d’autres non. Il nous offre alors une description encore très actuelle de la ciguatéra et y aborde même le phénomène de résurgences chroniques:

« ...Certains poissons là-bas sont empoisonnés entraînant de sévères douleurs dans les articulations de ceux qui les mangent et aussi des démangeaisons... Ces troubles disparaissent en deux ou trois jours... Dans un lot de poissons de même espèce, taille, forme, et goût, seuls certains spécimens renferment le poison, les autres n'entraînent aucun préjudice chez l'homme... Nous n'avons jamais entendu dire que la maladie fût mortelle, mais pour les chats et les chiens qui consomment ces poissons, c'est souvent le dernier repas... Chez des gens qui ont eu une fois cette maladie, une nouvelle ingestion de poisson, même sain, peut raviver le ferment toxique dans l'organisme et faire réapparaître les douleurs... " .

C’est à Fernandez de Queiros que l'on doit le premier rapport de cas de ciguatéra dans le Pacifique, vers 1606, après une intoxication massive au Lutjanus bohar  péché dans les eaux des Nouvelles-hébrides.

Plus tard, en 1774, l’équipage du capitaine James Cook fut intoxiqué à plusieurs reprises aux îles Vanuatu puis en Nouvelle Calédonie par un Sparus pagrus.

Capitaine James Cook

En 1786, le naturaliste portugais Antonio Parra, fit d’un épisode toxique survenu à la Havane, une description très semblable à l’actuel syndrome ciguatérique (temps d’incubation court, association de syndrome digestif, neurologique, arthralgie et myalgies accompagnées de dysgueusie, asthénie, difficultés à se mouvoir, à respirer, dysesthésies des extrémités, etc.)

Concernant la Polynésie française, il faudra attendre 1792 pour que James Morrison, second maître à bord de la « Bounty », offre les premières références relatives à une intoxication évoquant très nettement un épisode ciguatérique aux îles de la Société :

Enfin, il faudra attendre 1866 pour que le nom « ciguatéra » soit proposé pour la 1è^re fois par l'ichtyologue Felipe Poey, pour désigner une intoxication neuro-digestive fréquemment rencontrée à Cuba et liée à l'ingestion d'un mollusque gastéropode Livona pica (=Cittarium pica, Linnaeus 1758), « cigua » de son nom vernaculaire. Aujourd"hui, "ciguatéra" désigne à la fois les syndrômes cliniques associés à l'ingestion de poissons coralliens toxiques et le phénomène éco-toxicologique complexe qui en est à l'origine.