D'après la littérature, la ciguatéra affecterait entre 50 000 et 500 000 personnes dans le monde chaque année. Dans les faits, il est extrêmement difficile d'avoir une idée précise de la situation et de son évolution tant cette pathologie demeure invisible aux yeux des autorités de santé.
Dans certaines régions endémiques, seulement 10 à 20 % des cas sont rapportés officiellement.
Bien qu’étant considérée comme l’intoxication d'origine non bactérienne liée à la consommation de produits marins la plus répandue au monde, les chiffres de son impact sur la population globale souffrent d’un réel manque d’exhaustivité, imputable en partie au manque d’information, de surveillance épidémiologique et aux difficultés liées au diagnostic (souvent erroné, tardif, voire inexistant).
De plus, en raison de l'absence de traitement spécifique et réellement efficace, beaucoup de personnes intoxiquées préfèrent se soigner seules, sans l'aide d'un médecin, échappant alors au décompte, puisqu'ils ne font pas l'objet de déclaration officielle.
Enfin, rares sont les pays disposant d'un réseau de veille sanitaire collectant des données sur la ciguatéra, ou imposant sa déclaration systématique aux autorités de santé.
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