L’origine véritable de la ciguatéra n’est connue que depuis le milieu des années 1970 et met en cause un dinoflagellé benthique unicellulaire, Gambierdiscus spp., dont les populations se développent préférentiellement au sein de « gazons » algaux (ou algues-support) recouvrant le corail dégradé ou mort. Le genre Gambierdiscus est très largement distribué à l’échelle mondiale. A ce jour, 18 espèces de Gambierdiscus ont été identifiées: G. australes, G. balechii, G. belizeanus, G. caribaeus, G. carolinianus, G. carpenter, G. cheloniae, G. excentricus, G. holmesii, G. honu, G. jejuensis, G. lewisii, G. lapillus, G. pacificus, G. polynesiensis, G. scabrosus, G. silvae, G. toxicus.

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Sous l’influence de facteurs  généralement liés à un déséquilibre environnemental d’origine naturelle (cyclones, tsunami,...) ou anthropique (pollution, travaux,...), les populations de Gambierdiscus vont se mettre à pulluler de façon sporadique.

Pour des raisons encore mal connues, seules certaines lignées de la micro-algue sont  capables de produire des ciguatoxines (CTXs). En d'autres termes, ce n’est pas la forte densité de cellules de Gambierdiscus qui crée la ciguatéra, mais bien la/les lignées présente(nt) dans l'environnement.

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La colonisation massive de l’écosystème corallien par des lignées toxiques de Gambierdiscus constitue donc le point de départ de la contamination de la chaîne alimentaire: les CTXs produites par le dinoflagellé vont ainsi s’accumuler progressivement au niveau de poissons herbivores par broutage des microgazons recouvrant les coraux morts, la transmission des toxines au niveau des poissons carnivores étant, quant à elle, assurée par la prédation de ces derniers vis à vis des poissons herbivores toxiques. La bioaccumulation des CTXs algales qui se double d’un phénomène de biotransformation aboutit, à terme, à l’intoxication des consommateurs situés en bout de chaîne alimentaire. Au total, on estime à environ 400 le nombre d'espèces de poissons pouvant véhiculer la ciguatéra.

A noter qu'un nouveau genre de dinoflagellé potentiellement ciguatérigène, appelé  Fukuyoa, a été identifié. A ce jour, on lui connait 3 espèces: F. yasumotoi, F.paulensis et F. ruetzeli.

Carte de distribution géographique des espèces de Gambierdiscus et Fukuyoa.