La ciguatéra frappe avant tout par le nombre élevé et la diversité de ses symptômes qui se regroupent classiquement en 5 grandes familles: digestifs, neurologiques, cardio-vasculaires, rhumatologiques et généraux. En pratique, plus de 175 symptômes différents ont été recensés dans la littérature médicale.

A ce jour, il n'existe toujours pas de test biologique dûment validé permettant de poser un diagnostic de ciguatéra chez les patients. Actuellement, le diagnostic de ciguatéra repose uniquement sur l'historique d'intoxication, la nature du poisson consommé et les symptômes. En effet, certains symptômes tels que les paresthésies (démangeaisons, brûlures, engourdissements) des extrémités (mains, pieds,...), du visage, de la bouche et les douleurs au contact d'objet ou de liquide froids, peuvent être considérés comme caractéristiques de la ciguatéra.

La ciguatéra présente généralement un faible taux de mortalité (<0.1%) et n'a jusqu'à présent jamais été associée à la survenue de maladies graves (cancers,...). Les rares cas mortels surviennent quelques heures, voire quelques jours après l'intoxication et sont en général dus à une défaillance cardiovasculaire  aggravée par la forte déshydratation provoquée par les diarrhées et vomissements. Aucun cas mortel lié à la ciguatéra n'a été observé en phase chronique de l'affection.

Si cette intoxication peut s'avérer très invalidante sur de longues périodes allant jusqu'à plusieurs décennies, dans la majorité des cas, les symptômes finissent par s'estomper spontanément. Aujourd'hui, l'un des objectifs de nos recherches est de comprendre ce phénomène et de déterminer les facteurs qui favorisent la disparition de ces symptômes.

Par ailleurs, si la ciguatéra, n’est pas « contagieuse », elle présente par certains aspects, un caractère « transmissible » : soit par voie sexuelle (qui pourrait expliquer la survenue de prurit vulvaire chez des femmes lors de rapports sexuels avec un partenaire atteint de ciguatéra, ou de douleurs pelviennes chez les hommes durant l’éjaculation); soit de la mère à l’enfant par voie trans-placentaire ou via le lait maternel. Dans ce dernier cas, il est fortement recommandé aux mères d'arrêter d'allaiter leur enfant durant 1 mois.

Enfin, bien qu’exceptionnel, la ciguatéra peut être responsable d’accouchements prématurés et d’avortements en cas d'intoxication au cours de la grossesse.